การลงทุนในตราสารหนี้นั้นผู้ลงทุนจะมีสถานเป็นเจ้าหนี้ของผู้ออกตราสารและเหมือนเจ้าหนี้โดยทั่วไปความเสี่ยงที่ลูกหนี้จะไม่ชำระเงินคืนตามกำหนดเวลาที่สัญญาไว้ เป็นความเสี่ยงอันดับแรกที่เจ้าหนี้ให้ความสนใจเรียกว่าความเสี่ยงจากการผิดนัดชำระหนี้

ในกรณีที่ผู้ออกเป็นรัฐบาลและออกตราสารหนี้เป็นสกุลเงินของประเทศเช่น รัฐบาลไทยออกพันธบัตรในสกุลเงินบาท หรือรัฐบาลสหรัฐออกพันธบัตรเป็นสกุลเงินดอลล่าร์ จะถือว่าพันธบัตรรัฐบาลนั้นไม่มีความเสี่ยงจากการผิดนัดชำระเนื่องจากถือว่ารัฐบาลของแต่ละประเทศมีอำนาจสูงสุด สามารถเก็บภาษีเพื่อมาชำระหนี้ได้ซึ่งหน่วยงานภาคธุรกิจไม่สามารถทำได้ ตราสารหนี้ที่ออกโดยภาคเอกชน จึงมีโอกาสที่จะผิดนัดชำระได้ ทั้งนี้ความเสี่ยงในการผิดนัดชำระ หรืออีกด้านหนึ่งคือความสามารถในการชำระหนี้ของแต่ละบริษัทอาจไม่เท่ากัน ขึ้นกับหลายๆ ปัจจัย เช่น ความสามารถในการทำกำไร ลักษณะสินค้า และโครงสร้างทางการเงิน ซึ่งนักลงทุนสามารถดูได้จากอันดับเครดิต (Credit rating) ที่บริษัทจัดอันดับ (Credit rating agency) เป็นผู้ประเมินให้แก่แต่ละบริษัทโดยพิจารณาจากปัจจัยด้านต่าง ๆในปัจจุบัน สำนักงาน ก.ล.ต. กำหนดให้ตราสารหนี้ภาคเอกชนที่จะออกขายแก่บุคคลทั่วไปต้องได้รับการจัดอันดับเครดิต

โดยทั่วไป จะแบ่งอันดับเครดิตออกเป็น 2 ระดับ คือ

1. ระดับที่ยอมรับว่าเหมาะสมแก่การลงทุน(Investment Grade)ซึ่งหมายถึงตราสารหนี้ที่มีRating ตั้งแต่ BBB-ขึ้นไป

2. ระดับที่พิจารณาว่ามีความเสี่ยงอยู่ในเกณฑ์สูงหรืออาจเรียกว่าตราสารหนี้ที่มีผลตอบแทนสูง(High yield) ซึ่งหมายถึงตราสารหนี้ที่มี Rating ต่ำว่า BBB- หรือไม่ได้รับการจัดอันดับซึ่งถือว่ามีความเสี่ยงสูงแต่ก็มักจะให้ผลตอบแทนสูงเช่นกัน

ตราสารหนี้ที่ผู้ออกไม่สามารถจ่ายชำระคืนดอกเบี้ยและเงินต้นภายในกำหนดได้ จะอยู่ในสถานะ "Default Bond” ดังนั้น ผู้ถือตราสารหนี้ต้องฟ้องร้องเพื่อเรียกชำระคืนหนี้ หรือในกรณีที่มีการปรับปรุงโครงสร้างทางการเงินเพื่อฟื้นฟูกิจการของบริษัทผู้ออกตราสาร ผู้ถือตราสารหนี้ก็จะต้องร่วมพิจารณาแผนดังกล่าวเพื่อให้เกิดการฟื้นฟูกิจการ มีโอกาสในการชำระหนี้คืนในอนาคต

สำหรับการลงทุนในตราสารหนี้โดยทั่วไปแล้ว ผู้ออกจะระบุเงื่อนไขการชำระคูปองและการไถ่ถอนอย่างชัดเจนดังนั้นสำหรับนักลงทุนซึ่งลงทุนและถือตราสารหนี้จนครบอายุจะไม่มีความเสี่ยงจากการเปลี่ยนแปลงของอัตราดอกเบี้ย แต่สำหรับนักลงทุนที่ต้องการขายตราสารหนี้ก่อนครบกำหนดอายุ อัตราดอกเบี้ยในตลาดจะมีผลต่อราคาตราสารหนี้ดังนี้

เมื่ออัตราดอกเบี้ยลดลงราคาตราสารหนี้จะเพิ่มขึ้น เมื่ออัตราดอกเบี้ยเพิ่มขึ้น ราคาตราสารหนี้จะลดลง ความสัมพันธ์สวนทางกันตามรูปด้านล่าง

ทั้งนี้เนื่องจากเมื่ออัตราดอกเบี้ยในตลาดเพิ่มขึ้น ตราสารหนี้ที่ออกใหม่ในขณะนั้นจะจ่ายดอกเบี้ยในอัตราที่สูงขึ้นตามตลาด โดยออกขายที่ราคาหน้าตั๋ว เมื่อเปรียบเทียบกับตราสารหนี้ที่ออกมาก่อนหน้าซึ่งจ่ายอัตราดอกเบี้ยต่ำกว่านักลงทุนจะไม่ยินดีซื้อลงทุนที่ราคาหน้าตั๋วเนื่องจากเห็นว่าผลตอบแทนของตราสารหนี้ออกใหม่สูงกว่า ดังนั้นผู้ขายจึงต้องลดราคาลงเพื่อเพิ่มอัตราผลตอบแทนให้แก่นักลงทุนให้เทียบเท่ากับตราสารหนี้ออกใหม่

ในทางกลับกันหากอัตราดอกเบี้ยในตลาดลดลง ตราสารหนี้ออกใหม่ในขณะนั้นจะจ่ายอัตราดอกเบี้ยที่ต่ำลงตามตลาดโดยออกขายที่ราคาหน้าตั๋วเมื่อเปรียบเทียบกับตราสารหนี้ที่ออกมาก่อนหน้าซึ่งจ่ายอัตราดอกเบี้ยสูงกว่านักลงทุนจะยินดีซื้อลงทุนที่ราคาสูงกว่าราคาหน้าตั๋วเนื่องจากให้ผลตอบแทนดีกว่าตราสารหนี้ออกใหม่

ดังนั้นเมื่อดูราคาตราสารหนี้ในตลาดรองจะพบราคาที่แตกต่างกัน สูงกว่าราคาหน้าตั๋วบ้าง ต่ำกว่าบ้างทั้งนี้ขึ้นกับอัตราดอกเบี้ย ณ เวลาที่ออกตราสารหนี้นั้นๆเทียบกับอัตราดอกเบี้ยในตลาดในขณะนั้นนั่นเอง

เนื่องจากตราสารหนี้ส่วนใหญ่มักจะมีการจ่ายดอกเบี้ยอย่างสม่ำเสมอในช่วงระหว่างทางก่อนที่จะครบกำหนดชำระดอกเบี้ยที่นักลงทุนได้รับหากนำไปลงทุนต่อ อาจได้รับดอกเบี้ยในอัตราที่ไม่เท่าเดิม ขึ้นกับอัตราดอกเบี้ยในตลาดในช่วงเวลานั้นๆ ความเสี่ยงประเภทนี้เกิดจากการที่อัตราดอกเบี้ยในตลาดมีแนวโน้มลดลง ทำให้นักลงทุนได้รับอัตราผลตอบแทนที่ต่ำลงจากการนำดอกเบี้ยนั้นไปลงทุนต่อ หรือในทางกลับกันหากอัตราดอกเบี้ยของการลงทุนต่อสูงขึ้นจะทำให้อัตราผลตอบแทนของการลงทุนต่อดีขึ้น

ดังนั้นอัตราผลตอบแทนที่เกิดขึ้นจริงของการนำไปลงทุนต่อเมื่อสิ้นสุดระยะเวลาการลงทุนจะแตกต่างไปจากอัตราผลตอบแทนที่เคยคาดไว้ ซึ่งก็คือมีความเสี่ยงจากการเปลี่ยนแปลงของอัตราผลตอบแทนจากการลงทุนต่อ (Reinvestment Risk)

ความเสี่ยงชนิดนี้จะมีมากขึ้นกับตราสารนี้ที่มีอายุน้อย เนื่องจากจะมีจำนวนครั้งที่ต้องลงทุนใหม่บ่อยกว่าตราสารหนี้ที่มีอายุยาวเช่น หากเราต้องการลงทุน 10 ปี และลงทุนในตราสารอายุคงเหลือ 1 ปี เราจะต้องลงทุน 10 ครั้งและรับความเสี่ยงของอัตราดอกเบี้ยทุกครั้ง ในขณะที่หากเราลงทุนในตราสารหนี้อายุ 10 ปี เราจะไม่มีความเสี่ยงที่จะต้องนำเงินต้นไปลงทุนซ้ำ แต่อย่างไรก็ตาม คูปองที่ได้รับในช่วงอายุตราสารยังได้รับความเสี่ยงในการลงทุนต่ออยู่

ความเสี่ยงนี้เกิดจากเหตุการณ์ที่ไม่สามารถคาดเดาได้เช่น การควบรวมบริษัท มีการเปลี่ยนแปลงทางกฎหมายที่มีผลต่อการดำเนินงาน เป็นต้น ซึ่งความเสี่ยงเหล่านี้เป็นความเสี่ยงที่เกิดได้น้อย แต่สามารถส่งผลกระทบต่อบริษัทได้อย่างมากนักลงทุนอาจลดความเสี่ยงนี้ลงได้โดยการกระจายความเสี่ยงในการลงทุนเพื่อลดผลกระทบหากเกิดเหตุการณ์ไม่คาดคิดกับผู้ออกตราสารรายใดรายหนึ่ง

ตราสารหนี้บางรุ่นอาจมีการซื้อขายไม่ถี่นัก ทำให้นักลงทุนที่ต้องการขายตราสารหนี้ออกอย่างรวดเร็วไม่สามารถทำได้ หรืออาจขายได้ในราคาที่ต่ำลงมาก ทั้งนี้ขึ้นกับสภาพคล่องของตราสารหนี้ตัวนั้นๆ มูลค่าที่ต้องการขายและสภาวะตลาดในขณะนั้น

แต่สำหรับตราสารหนี้ภาครัฐมักจะมีสภาพคล่องที่สูงกว่าตราสารหนี้ภาคเอกชน ซึ่งดูได้จากอัตราการเปลี่ยนมือของการซื้อขาย (Turnover Ratio) และสามารถดูได้จากอัตราเสนอซื้อและอัตราเสนอขาย โดยหลักการแล้วส่วนต่างระหว่างอัตราเสนอซื้อและเสนอขายสามารถบอกถึงสภาพคล่องของตราสารนั้นๆได้ แต่หากเป็นตราสารหนี้เอกชน ข้อมูลเหล่านี้บางครั้งจะไม่สามารถหาได้เนื่องจากมีการเปลี่ยนมือกันน้อย หากนักลงทุนต้องการขายต้องสอบถามราคาจาก dealer โดยตรง อย่างไรก็ตามนักลงทุนอาจใช้ราคาของตราสารหนี้ที่มีลักษณะใกล้เคียงกันเพื่อเปรียบเทียบได้